Organem podatkowym, stosownie do swojej właściwości, jest:
1) naczelnik urzędu skarbowego, naczelnik urzędu celnego, wójt, burmistrz (prezydent miasta), starosta albo marszałek województwa – jako organ pierwszej instancji;
2) dyrektor izby skarbowej, dyrektor izby celnej – jako:
a) organ odwoławczy odpowiednio od decyzji naczelnika urzędu skarbowego lub naczelnika urzędu celnego,
b) organ pierwszej instancji, na podstawie odrębnych przepisów,
c) organ odwoławczy od decyzji wydanej przez ten organ w pierwszej instancji;
3) samorządowe kolegium odwoławcze – jako organ odwoławczy od decyzji wójta, burmistrza (prezydenta miasta), starosty albo marszałka województwa.
Minister właściwy do spraw finansów publicznych jest organem podatkowym – jako:
1) organ pierwszej instancji w sprawach stwierdzenia nieważności decyzji, wznowienia postępowania, zmiany lub uchylenia decyzji lub stwierdzenia jej wygaśnięcia – z urzędu;
2) organ odwoławczy od decyzji wydanych w sprawach, o których mowa w pkt 1;
3) organ właściwy w sprawach porozumień dotyczących ustalenia cen transakcyjnych;
4) organ właściwy w sprawach interpretacji postanowień umów o unikaniu podwójnego opodatkowania oraz innych ratyfikowanych umów międzynarodowych dotyczących problematyki podatkowej;
5) organ właściwy w sprawach informacji przekazywanych przez banki i spółdzielcze kasy oszczędnościowo-kredytowe o założonych i zlikwidowanych rachunkach bankowych związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej.
Natomiast tzw. organami podatkowymi wyższego stopnia są organy odwoławcze.
