W przypadkach gdy nie można określić dochodów za pomocą metod porównywalnej ceny niekontrolowanej, ceny odprzedaży albo rozsądnej marży („koszt plus”) dopuszcza się zastosowanie metod zysku transakcyjnego, polegających na określaniu dochodów na podstawie zysku, jakiego racjonalnie mógłby oczekiwać dany podmiot uczestniczący w transakcji.
Metody zysku transakcyjnego należy stosować tak, aby nie zwiększać obciążeń podatkowych podmiotu wyłącznie z powodu osiągania zysków niższych niż zyski przeciętnie osiągane przez inne podmioty, jeżeli mniejszy zysk lub nieosiągnięcie zysku przez dany podmiot przypisać można czynnikom ekonomicznym lub organizacyjnym.
Przy określaniu wartości rynkowej przedmiotu transakcji realizowanych przez podmioty powiązane dopuszcza się stosowanie następujących metod zysku transakcyjnego:
1) metodę podziału zysków oraz
2) metodę marży transakcyjnej netto.
Metoda podziału zysków
Metoda podziału zysków polega na określeniu łącznych zysków, jakie w związku z daną transakcją (transakcjami) osiągnęły podmioty powiązane, oraz podziału tych zysków między te podmioty w takiej proporcji, w jakiej dokonałyby tego podziału podmioty niezależne.
Proporcjonalnego podziału zysków, który stosowałyby niezależne podmioty uczestniczące w danej transakcji (transakcjach), dokonuje się za pomocą:
1) analizy rezydualnej, która dzieli sumę zysków uzyskanych w związku z daną transakcją (transakcjami) przez podmioty powiązane uczestniczące w tej transakcji (transakcjach) w dwóch etapach; w pierwszym etapie każdemu uczestnikowi transakcji przypisuje się minimalny zysk, jaki osiągają podmioty niezależne w tego rodzaju transakcjach; w drugim etapie wszelkie pozostałe po podziale w pierwszym etapie zyski dzielone są pomiędzy podmioty powiązane uczestniczące w danej transakcji zgodnie z zasadami, jakie ustaliłyby podmioty niezależne uczestniczące w takiej transakcji; jeżeli suma osiągniętych przez podmioty powiązane zysków jest niższa niż suma zysków przypisanych w pierwszym etapie, to zyski przypisane podlegają zmniejszeniu; korekta dokonywana w etapie drugim uwzględnia funkcje ekonomiczne, o których mowa w § 8 ust. 2 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 10 października 1997 r. w sprawie sposobu i trybu określania dochodów podatników w drodze oszacowania cen w transakcjach dokonywanych przez tych podatników, albo
2) analizy udziału, która dzieli między podmiotami powiązanymi połączony zysk z transakcji, której przedmiotem są dobra wytworzone lub ulepszone przez te podmioty, w oparciu o względną wartość działań podjętych przez każdy z powiązanych podmiotów, uwzględniając czynniki, o których mowa w § 8 ust. 2 ww. rozporządzenia.
Metoda marży transakcyjnej netto
Metoda marży transakcyjnej netto polega na badaniu marży zysku netto, jaką uzyskuje podmiot w transakcji lub transakcjach z innym podmiotem powiązanym, i określeniu jej na poziomie marży, jaką uzyskuje ten sam podmiot w transakcjach z podmiotami niezależnymi, lub do marży uzyskiwanej w porównywalnych transakcjach przez podmioty niezależne.
Marżę transakcyjną netto określa się poprzez odliczenie od przychodu osiągniętego w wyniku transakcji kosztów poniesionych w celu osiągnięcia tego przychodu, w tym także kosztów ogólnych zarządu. Odliczenia kosztów ogólnych zarządu, dokonuje się uwzględniając proporcję, w jakiej pozostaje przychód uzyskany w związku z daną transakcją w ogólnej kwocie przychodów.
Stosując metodę marży transakcyjnej netto należy uwzględnić różnice między podmiotami, których marże są porównywane, a w szczególności należy wziąć pod uwagę takie czynniki, jak: konkurencja ze strony innych uczestników rynku i dóbr zamiennych, skuteczność i strategia zarządzania, pozycja rynkowa, różnice struktury kosztów i kosztu pozyskania kapitału oraz stopień doświadczenia w działalności.