Izba skarbowa jest ciałem pomocniczym wobec kierującego nią Dyrektora Izby skarbowej, który jest państwowym organem podatkowym – czynną stroną stosunku prawnopodatkowego. Jest on podmiotem odpowiedzialnym za prawidłową i terminową realizację zadań Izby i podległych urzędów skarbowych, wynikających z obowiązujących przepisów prawa i wytycznych Ministra Finansów.